준공공임대 양도세 감면, 2015~2018년 취득·10년 임대 요건과 농어촌특별세 20% (조세특례제한법 제97조의5)

세무법인 이움 중앙지점 박성진 세무사입니다.

결론
준공공임대 양도세 감면(조세특례제한법 제97조의5)은 2015.1.1.~2018.12.31. 취득 후 3개월 내 등록, 등록 후 10년 이상 임대, 임대료 증액 제한 준수를 모두 갖추면 임대기간 중 양도소득에 대한 세액의 100%를 감면합니다.
감면세액의 20%는 농어촌특별세로 과세되고, 같은 조 제3항에 따라 감면 신청을 해야 적용됩니다.

장기일반민간임대주택 양도세 감면은 요건을 갖춘 주택이라도 신청하지 않으면 적용되지 않습니다. 실무에서 먼저 확인하는 것은 취득일과 등록일 사이가 3개월 이내인가와 등록이 중간에 말소되지 않고 10년 이상 이어졌는가 두 가지입니다.

목차

• 감면 요건 세 가지
• 취득 시기 2015년 1월 1일의 근거
• 감면 범위와 농어촌특별세
• 아파트 자동말소와 3개월 경과 등록
• 신청 절차와 자주 묻는 질문

감면 요건 세 가지

거주자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생한 양도소득에 대한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 2018년 12월 31일까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호의 민간매입임대주택 및 「공공주택 특별법」 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 취득(2018년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하고, 취득일로부터 3개월 이내에 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 장기일반민간임대주택등으로 등록할 것
2. 장기일반민간임대주택등으로 등록 후 10년 이상 계속하여 장기일반민간임대주택등으로 임대한 후 양도할 것
3. 임대기간 중 제97조의3제1항제2호의 요건을 준수할 것
(조세특례제한법 제97조의5 제1항)

요건	확인 자료
제1호 취득 시기·3개월 내 등록	매매계약서(계약일·계약금 납부일), 등기부 취득일, 임대사업자 등록일
제2호 등록 후 10년 이상 계속 임대	등록 이력, 말소 통지 여부, 공실 기간
제3호 임대료 증액 제한(제97조의3 제1항 제2호)	임대기간 전체의 임대차계약서와 증액 이력

취득 시기 2015년 1월 1일의 근거

현행 제1호 문언에는 취득 시한(2018년 12월 31일)만 있고 시작일이 없습니다. 시작일은 이 조문이 신설된 2014년 12월 23일 개정 법률(법률 제12853호) 부칙 제34조가 정합니다. 「제97조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다」고 했고 그 법의 시행일이 2015년 1월 1일이므로, 2015년 1월 1일 이후 취득분부터 대상입니다. 당초 취득 시한은 2017년 12월 31일이었고 이후 개정으로 2018년 12월 31일까지 늘어났습니다.

감면 범위와 농어촌특별세

감면 대상은 양도차익 전체가 아니라 「임대기간 중 발생한 양도소득」이며, 기간 계산은 대통령령(같은 조 제4항)에 따릅니다. 10년 임대를 마친 뒤 임대하지 않고 보유한 기간의 양도소득은 감면 범위 밖입니다.

항목	내용	근거
감면율	임대기간 중 양도소득에 대한 양도소득세의 100%	조세특례제한법 제97조의5 제1항
농어촌특별세	감면세액의 20%	농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호
중복 적용	제97조의3(장기일반민간임대주택 장기보유특별공제 특례)·제97조의4와 중복 적용 불가	조세특례제한법 제97조의5 제2항

예를 들어 감면세액이 5,000만원이라면 농어촌특별세는 1,000만원입니다(가정). 제97조의3 특례와는 선택 관계이므로, 실무에서는 두 방식의 세액을 모두 계산해 비교한 뒤 신고 방식을 정합니다.

아파트 자동말소와 3개월 경과 등록

기획재정부는 준공공임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조 제5항에 따라 8년 임대 후 등록말소되는 경우 제97조의5 감면이 적용되지 않는다고 회신했습니다(기획재정부 재산세제과-389, 2025.4.25., 요지). 또 취득일부터 3개월이 지나 임대등록한 경우 제97조의5를 적용받을 수 없다는 국세청 답변이 있습니다(서면-2022-부동산-1930, 2022.7.4., 요지).

아파트 준공공임대를 보유한 경우 감면 검토 전에 말소 여부와 말소일부터 확인해야 하는 이유입니다.

신청 절차와 자주 묻는 질문

제1항에 따라 세액감면을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.
(조세특례제한법 제97조의5 제3항)

감면이면 양도세 신고를 안 해도 됩니까.
아닙니다. 양도소득세 신고와 함께 주택임대 사항 신고와 감면 신청을 해야 하고, 감면세액의 20%인 농어촌특별세도 납부합니다.

임대료를 한 번 5% 넘게 올린 적이 있으면 어떻게 됩니까.
제3호가 「임대기간 중」 제97조의3 제1항 제2호 요건 준수를 요구하므로, 증액 이력은 임대기간 전체의 계약서로 확인합니다. 증액률 산정 방식은 시행령 기준으로 따로 계산해야 하므로 계약서 원본을 모두 모아 검토합니다.

 

함께 보면 좋은 글

주택임대사업자 혜택 축소 - 등록임대 중과 제외에 2027년 양도기한이 생깁니다

 

임대사업자 자동말소 후 종부세 추징은 없습니다 — 다만 거주주택 비과세는 말소일부터 5년입

 

종부세 합산배제 임대주택, 아파트·조정대상지역·등록 신청일로 갈립니다 — 단기·장기 유형

 

임대사업자 자동말소, 추징은 없지만 5년을 넘기면 비과세가 사라집니다

---

세무법인 이움 중앙지점 대표세무사 박성진
서울특별시 강남구 학동로38길 11, 2층(논현동)
02-545-5328