주택임대사업자 혜택 축소 - 등록임대 중과 제외에 2027년 양도기한이 생깁니다

세무법인 이움 중앙지점 박성진 세무사입니다.

2026년 세제개편안(정부안)에 등록임대주택에 대한 세제지원을 기한을 정해 닫는 내용이 담겼습니다. 지금까지 자동말소된 등록임대주택은 언제 팔든 양도소득세 중과에서 제외됐는데, 개정안은 여기에 2027년 12월 31일이라는 양도기한을 새로 넣습니다. 아직 국회를 통과한 법이 아니라 정부안 단계입니다. 다만 적용시기가 2026년 10월 1일 이후 양도분으로 잡혀 있고 시행령 개정도 2026년 중에 예정돼 있어, 매도 시점을 뒤로 미뤄 두신 주택임대사업자라면 지금 계산을 다시 하셔야 합니다.

1. 주택임대사업자 혜택은 무엇이고 근거 조문은 어디인가

주택임대사업자 혜택이란 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대사업자로 등록한 사람이 그 등록임대주택에 대해 받는 세제상 우대를 말합니다. 양도소득세 중과 제외, 거주주택 1세대 1주택 비과세, 장기보유특별공제 우대 세 가지가 핵심이고 근거 조문이 각각 다릅니다.

주택임대사업자 혜택을 하나로 뭉뚱그려 이해하시는 분이 많습니다. 실제로는 근거 조문이 다른 세 갈래이고, 개정안이 건드리는 곳도 서로 다릅니다.

혜택	근거 조문	핵심 요건
양도세 중과 제외	소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호	임대개시일 당시 기준시가 6억 이하(수도권 밖 3억), 임대료 증가율 5% 이하
거주주택 1세대 1주택 비과세	소득세법 시행령 제155조 제20항	거주주택에 2년 이상 거주, 양도일 현재 임대주택 등록 유지
장기보유특별공제 50%	조세특례제한법 제97조의3	국민주택규모 이하, 8년 이상 임대(자동말소 시 의제)

세 갈래 모두 구청(민간임대주택에 관한 특별법 제5조) 등록과 세무서(소득세법 제168조) 사업자등록을 함께 요구합니다. 그런데 그 두 등록은 입구 요건일 뿐입니다. 실제 판정은 각 목이 거는 기간, 기준시가, 임대료 5%에서 갈립니다.

법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택 - 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 (시행 2026. 7. 1.)

세 번째 장기보유특별공제 50%는 현행 조문만 보면 건설임대 10년 70%뿐이라 매입임대는 대상이 아닌 것처럼 보입니다. 살려 두는 것은 부칙입니다.

이 법 시행 전에 등록을 한 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택에 대한 양도소득세 과세특례에 관하여는 제97조의3제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. - 조세특례제한법 부칙 제19199호(2022. 12. 31.) 제38조

시행일이 2023년 1월 1일이므로 2022년 12월 31일 이전에 등록한 주택은 종전 규정으로 판정합니다. 종전 규정은 매입임대를 포함하고 8년 이상 임대하면 50%, 10년 이상이면 70%입니다. 일반 장기보유특별공제(연 2%, 최대 30%)와는 비교가 되지 않습니다.

상담에서 보면 등록증만 가지고 오시면서 "등록했으니 중과는 없는 것 아니냐"고 물으시는 경우가 적지 않습니다. 저는 그럴 때 등록증이 아니라 임대개시일 당시의 기준시가부터 확인합니다. 그 시점에 6억을 넘겼다면 처음부터 장기임대주택이 아니었던 것이라, 등록 여부와 무관하게 혜택이 없습니다.

2. 자동말소된 등록임대주택은 언제까지 팔아야 하나

2020년 8월 민간임대주택에 관한 특별법 개정으로 아파트 장기일반민간임대주택은 의무임대기간이 끝나면 등록이 자동으로 말소됐습니다. 현행 규정은 이때 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 중과 제외를 그대로 인정하고, 언제까지 팔아야 한다는 기한은 두지 않았습니다.

정부안은 여기에 기한을 넣습니다. 조정대상지역 민간매입임대 아파트는 2027년 12월 31일 이전 양도분으로 한정해 중과를 제외합니다. 다만 아래 세 가지에 해당하면 기산일 특례가 적용돼, 그중 가장 늦은 기산일부터 1년까지로 늘어납니다.

기산일 특례	내용
(1)	2027년 1월 1일 기준 의무임대기간이 진행 중인 경우
(2)	신규로 조정대상지역에 지정된 경우
(3)	재건축, 재개발이 진행 중인 경우

적용시기는 2026년 10월 1일 이후 양도분이고, 시행령 개정이 2026년 중에 예정돼 있습니다. 이번 개편안의 부동산 항목 중 가장 일정이 급한 대목입니다.

여기서 꼭 구분하셔야 할 것이 있습니다. 자진말소와 자동말소는 원래부터 규정이 달랐습니다. 의무임대기간의 2분의 1 이상을 임대하고 스스로 말소를 신청한 자진말소는 같은 조문 사목에서 말소 후 1년 이내 양도할 것을 이미 요구하고 있었습니다. 기한이 없던 쪽은 자동말소였고, 이번에 나빠지는 것도 자동말소 쪽입니다. 두 가지를 섞어 이해하시면 결론이 정반대로 나옵니다.

3. 양도기한을 넘기면 세금은 얼마나 늘어나나

기한이 지나면 곧바로 전액 중과되는 것은 아닙니다. 정부안은 조세특례제한법 제97조의11을 신설해 완충 구간을 둡니다. 위 기한이 지난 뒤 1년이 경과한 날부터 2년 이내에 양도하면 중과세율의 2분의 1을 적용합니다.

구분	중과세율	장기보유특별공제 우대
기한 내 양도	중과 제외	50%
완충 구간(1년 경과 후 2년 이내)	2주택 10%포인트 / 3주택 이상 15%포인트	30%
그 이후	2주택 20%포인트 / 3주택 이상 30%포인트	배제

완충 구간의 적용시기는 2028년 1월 1일 이후 양도분입니다. 표를 보시면 아시겠지만 같은 집을 언제 파느냐로 세율이 세 단계로 갈립니다. 매도 시점이 곧 세액입니다.

여기에 다주택자 중과 한시 완화가 겹칩니다. 정부안은 2년 이상 보유한 조정대상지역 주택에 대해 2027년 양도분은 2주택 5%포인트, 3주택 이상 10%포인트로 낮추고 2028년에는 10%포인트, 15%포인트를 적용합니다. 2026년에 이미 양도한 주택이라도 2027년 1월 1일 이후에 예정신고나 확정신고를 하면 완화세율을 적용하는 특례가 함께 들어 있습니다. 실무에서 대단히 큰 대목인데 언론 보도에는 거의 나오지 않습니다.

4. 임대주택 감면과 추가공제는 어떻게 바뀌나

양도세 중과만 손보는 것이 아닙니다. 임대주택 관련 조세특례제한법 조문에도 기한과 요건이 추가됩니다.

조문	바뀌는 내용
조세특례제한법 제97조(장기임대주택 양도소득세 감면)	양도기한 신설 - 수도권 아파트는 2029년 12월 31일, 그 외는 2031년 12월 31일
조세특례제한법 제97조의4(장기임대주택 장기보유특별공제 추가공제)	비거주자 제외, 임대기간 6년 이상으로 강화 (2029년 1월 1일 이후 양도분)

반대로 넓어지는 것도 하나 있습니다. 등록임대주택의 임대기간을 거주기간으로 인정해 연 2%, 최대 30%의 공제를 주는 내용입니다. 다만 조정대상지역 아파트는 제외되고 적용시기는 2028년 1월 1일 이후 양도분입니다. 조정대상지역에 아파트를 등록해 두신 분들께는 해당이 없는 항목입니다.

5. 임대료 5% 요건은 어느 주택까지 지켜야 하나

개정안 이야기를 하다 보면 정작 현행 요건을 놓치게 됩니다. 실무에서 혜택이 깨지는 가장 흔한 원인은 개정이 아니라 임대료 5% 초과입니다. 그런데 이 5%가 제도마다 적용 범위가 다릅니다.

적용받는 혜택	5%를 지켜야 하는 주택의 범위
거주주택 비과세(시행령 제155조 제20항 제2호)	보유 중인 장기임대주택 전부 - 하나만 어겨도 특례가 깨집니다
중과 제외(시행령 제167조의3 제1항 제2호)	양도하는 그 주택 하나

장기임대주택: 양도일 현재 사업자등록등을 하고 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것 - 소득세법 시행령 제155조 제20항 제2호 (시행 2026. 7. 1.)

조문이 물건을 특정하지 않기 때문입니다. 거주주택 비과세에서 5%는 파는 집이 아니라 임대주택 쪽에 붙는 요건이라, 임대주택이 여러 채라면 그 전부가 대상이 됩니다. 재계약이 여러 건 잡혀 있는 분이라면 그중 한 건의 5% 초과가 거주주택 비과세를 통째로 날립니다.

다만 5% 계산의 기준이 되는 계약이 무엇인지도 함께 보셔야 합니다. 국세청은 등록 전이나 2019년 2월 12일 시행 전에 맺은 계약과 비교하지 않고, 그 시행일 이후 최초로 체결한 표준임대차계약을 기준으로 본다고 회신했습니다(서면-2021-법규재산-3399, 2022. 11. 23.). 직전 계약과 단순 비교해 위반이라고 스스로 결론 내리기 전에 계약 이력을 순서대로 펼쳐 보셔야 합니다.

실제로 등록임대주택 여러 채를 보유하신 부부의 양도 계획을 검토하면서, 물건마다 임대개시일 당시 기준시가와 계약 이력을 하나씩 확인한 적이 있습니다. 여덟 채 중 두 채는 세무서 사업자등록만 있고 구청 등록이 없어 처음부터 대상이 아니었고, 한 채는 등록이 한 해만 늦었어도 기준시가 6억을 넘겨 탈락할 뻔했습니다. 등록임대는 채수가 아니라 물건별로 판정합니다.

6. 주택임대사업자가 지금 무엇부터 확인해야 하나

정부안은 아직 확정이 아닙니다. 그러나 확인 자체는 개정과 무관하게 지금 해 두셔야 하고, 확인 결과에 따라 매도 시점이 달라집니다.

순서	확인할 것	어디서
1	구청 등록과 세무서 사업자등록이 둘 다 있는지	렌트홈, 홈택스 사업자등록증명
2	물건별 임대개시일과 그 당시 기준시가	공동주택가격 열람, 위택스 시가표준액
3	말소 유형이 자동말소인지 자진말소인지, 말소일은 언제인지	렌트홈 등록사항
4	등록 후 임대차계약 이력 전체와 증액률	렌트홈 임대차계약 신고현황
5	거주주택 비과세를 이미 한 번 쓴 적이 있는지	과거 양도소득세 신고서

특히 2번과 4번은 서류를 열어 보기 전에는 아무도 답을 알 수 없습니다. 기억으로 "5% 넘긴 적 없다"고 말씀하셨다가 계약서를 펼쳐 보니 보증금을 월세로 전환한 건이 걸려 있는 경우가 있습니다. 보증금과 월세 사이의 전환은 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항을 준용해 환산하므로, 총액이 같아 보여도 계산 결과가 다를 수 있습니다.

7. 자주 묻는 질문

Q. 등록임대주택도 주택 수에 포함되나요?

포함됩니다. 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 괄호는 제1호와 제12호만 주택 수에서 빼고 등록임대주택인 제2호는 빼지 않습니다. 등록임대주택이 여러 채면 그 전부를 세어 3주택 이상이 됩니다. 중과에서 제외되는 것과 주택 수에서 빠지는 것은 다른 문제입니다.

Q. 자동말소된 뒤에도 사업자등록을 유지해야 하나요?

중과 제외 조문의 본문은 세무서 사업자등록과 구청 임대사업자 등록을 함께 요구하고, 자동말소는 임대기간요건만 갖춘 것으로 볼 뿐입니다. 국세청도 말소 후 상속인이 본문의 등록을 하지 않으면 조문이 적용되지 않는다고 회신한 바 있습니다. 말소 처리와 폐업은 구분해서 진행하셔야 합니다.

Q. 거주주택 비과세는 몇 번까지 받을 수 있나요?

사실상 한 번입니다. 시행령 제155조 제20항 후단에 따라 특례로 판 거주주택이 있으면 다음 거주주택은 직전 거주주택을 양도한 날 이후의 기간분에 대해서만 1주택으로 봅니다. 두 번째 집은 온전한 비과세가 되지 않습니다.

Q. 임대의무기간을 못 채우고 거주주택을 먼저 팔면 어떻게 되나요?

먼저 팔 수 있습니다. 시행령 제155조 제21항이 임대기간요건 충족 전 양도도 특례 대상으로 정하고 있습니다. 다만 이후 요건을 갖추지 못하게 되면 사유가 발생한 달의 말일부터 2개월 이내에 특례로 덜 낸 세액을 양도소득세로 신고, 납부해야 합니다.

8. 정리

정부안이 국회를 통과하면 등록임대주택의 세제 혜택은 없어지는 것이 아니라 기한이 붙습니다. 기한 안에 팔면 종전과 같고, 넘기면 완충 구간에서 절반, 그 뒤로는 전부 중과입니다. 그래서 이번 개정은 세율의 문제라기보다 일정의 문제입니다.

주택임대사업자 혜택은 요령으로 지켜지지 않습니다. 등록 시점과 계약 이력이라는 기록으로 지켜집니다. 서류를 지금 정리해 두시면 개정안이 어떻게 확정되든 대응할 수 있습니다.

 

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주택임대사업자 혜택 축소, 이제는 언제 파느냐가 세금을 가릅니다

 

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세무법인 이움 중앙지점 대표세무사 박성진
서울특별시 강남구 학동로38길 11, 2층 (우 06105)
TEL 02-545-5328

본문의 개정 내용은 2026년 8월 18일 기준 2026년 세제개편안(정부안)이며 국회 심의 과정에서 달라질 수 있습니다. 현행 규정 부분은 소득세법 시행령(시행 2026. 7. 1.)과 조세특례제한법(시행 2026. 7. 1.) 원문을 기준으로 작성했습니다. 개별 사안은 사실관계에 따라 결론이 달라지므로 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.