세무법인 이움 중앙지점 박성진 세무사입니다.
2026년 세제개편안(정부안)에 주택 장기보유특별공제를 「장기거주 소득공제」로 바꾸는 내용이 담겼습니다. 핵심은 하나입니다. 보유기간만으로 받던 공제가 단계적으로 사라지고, 거주기간이 기준이 됩니다. 1세대 1주택자의 보유공제는 2028년 양도분에서 연 2%(최대 20%)로 줄고 2029년 이후 양도분부터는 없어집니다. 아직 국회를 통과한 법이 아니라 정부안 단계이지만, 보유는 길고 거주는 짧은 주택을 가진 분이라면 지금부터 양도 시점을 계산에 넣으셔야 합니다.
1. 현행 - 보유 40% + 거주 40%, 합쳐서 80%
현행 소득세법 제95조 제2항은 장기보유특별공제를 두 개의 표로 나눠 규정합니다. 일반 자산은 표 1(3년 이상 보유 시 6%부터, 15년 이상 30%)이고, 1세대 1주택은 표 2를 적용해 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 합산합니다.
다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. - 소득세법 제95조 제2항 단서 (시행 2026. 7. 1.)
표 2는 보유 10년 이상이면 40%, 거주 10년 이상이면 40%입니다. 둘을 다 채워야 최대 80%가 됩니다. 여기서 놓치기 쉬운 것이 거주 2년이라는 문턱입니다. 표 2의 거주기간별 공제율은 2년 이상부터 시작하고, 그마저 보유기간 3년 이상인 경우로 한정됩니다. 2년을 거주하지 못한 1주택은 표 2가 아니라 표 1로 넘어가 최대 30%만 적용됩니다.
그래서 지금도 10년 보유하고 한 번도 살지 않은 고가주택은 80%가 아니라 30%를 공제받습니다. 상담에서 이 지점을 모르고 오시는 분이 적지 않습니다.
2. 개정안 - 제도가 둘로 갈라지고 이름이 바뀝니다
정부안은 먼저 제도를 이원화합니다(소득세법 제95조 제2항·제3항).
(1) 장기거주 소득공제 - 대상: 주택, 조합원입주권
(2) 장기보유 소득공제 - 대상: 토지, 건물(주택 외), 조합원입주권
이름만 바뀌는 것이 아닙니다. 주택이 「장기보유」 쪽에서 빠져 「장기거주」 쪽으로 넘어갑니다. 주택 공제의 근거가 보유가 아니라 거주가 된다는 뜻이고, 뒤에 나오는 공제율 조정이 전부 여기서 따라 나옵니다. 적용시기는 2028년 1월 1일 이후 양도분입니다.
3. 공제율 - 1세대 1주택은 이렇게 바뀝니다
기본요건인 3년 이상 보유 + 2년 이상 거주는 그대로입니다. 바뀌는 것은 공제율입니다.
| 구분 | 2027. 12. 31.까지 | 2028년 | 2029년 이후 |
|---|---|---|---|
| 거주공제 | 연 4% (최대 40%) | 연 6% (최대 60%) | 연 8% (최대 80%) |
| 보유공제 | 연 4% (최대 40%) | 연 2% (최대 20%) | 없음 |
거주공제는 두 배로 커지고 보유공제는 사라집니다. 같은 80%라도 도달하는 방법이 완전히 달라집니다. 지금은 10년 보유 + 10년 거주로 80%였지만, 2029년 이후에는 10년 거주만으로 80%가 되고 거주가 없으면 남는 것이 없습니다.
4. 다주택자는 더 분명합니다
다주택자는 현행이 보유 연 2%(최대 30%)입니다. 개정안은 2028년에 거주공제율과 보유공제율 중 높은 쪽을 적용하고, 2029년 이후에는 거주공제율만 남깁니다.
| 구분 | 2027. 12. 31.까지 | 2028년 | 2029년 이후 |
|---|---|---|---|
| 거주공제 (2년 이상 거주 시에만) | - | 연 2% (최대 30%) | 연 2% (최대 30%) |
| 보유공제 | 연 2% (최대 30%) | 연 1% (최대 15%) | 없음 |
거주공제는 2년 이상 거주한 경우에만 적용됩니다. 정부안대로 확정되면 2029년 이후 양도분부터는 거주 2년이 없는 주택의 장기보유공제가 0이 됩니다. 전세를 끼고 사두었거나, 근무지 때문에 등록만 해 두고 살지 못한 주택이 여기에 걸립니다.
5. 공제한도가 새로 생깁니다
지금은 장기보유특별공제에 금액 한도가 없습니다. 개정안은 소득세법 제95조 제6항에 한도를 신설합니다.
(1) 인별 연간 한도 - 2028년 20억원, 2029년 이후 10억원
(2) 양도 물건별 한도 - 2028년 20억원, 2029년 이후 10억원
공동소유 또는 시점을 달리하여 분할양도하는 경우 지분 비율 또는 분할양도 비율에 따라 안분
두 한도는 각각 적용됩니다. 분할양도나 공동명의로 한도를 늘리는 방식은 안분 규정으로 막혀 있습니다.
6. 살지 못한 기간을 거주로 인정받는 길
거주가 기준이 되면 "살고 싶어도 못 살았던" 사정이 문제가 됩니다. 개정안은 비거주기간을 거주기간으로 보는 경우를 함께 두었습니다.
- 취학·근무상 형편 등 부득이한 사유로 주거를 이전한 기간
- 인구감소지역 주택 등 특례주택의 보유기간
- 등록임대주택으로 임대한 기간
- 재개발·재건축 등 신축주택의 공사기간
다만 이 인정 규정들은 시행령·시행규칙에서 요건이 정해집니다. 요건 문언이 나오기 전에는 "우리 사정도 인정된다"고 단정하지 않는 편이 안전합니다. 특히 등록임대주택 임대기간 인정은 조정대상지역 아파트가 제외되는 것으로 되어 있어, 어떤 주택이냐에 따라 결론이 갈립니다.
7. 완화되는 항목도 함께 있습니다
개편안이 부담을 늘리기만 하는 것은 아닙니다. 실제로 상담에서 더 유용한 쪽은 이 두 가지입니다.
- 장기 거주 1주택 기본공제 확대(소득세법 제103조) - 10년 이상 거주한 양도가액 30억원 이하 1세대 1주택은 양도소득 기본공제가 연 250만원에서 연 2,500만원으로 올라갑니다. 2027년 1월 1일 이후 양도분부터이고, 특수관계인 간 양도와 비거주자는 제외됩니다.
- 고령 1주택자 한시 감면 신설(조세특례제한법 제71조의3) - 만 65세 이상, 양도일 현재 2년 계속 거주 중이면서 보유기간 중 5년 이상 거주한 수도권 주택을 제3자에게 양도하고 6개월 내 비수도권으로 이주하면 2027년 50%(5억원 한도), 2028년 30%(3억원 한도)를 감면합니다. 사후관리가 붙습니다.
여기서도 방향은 같습니다. 거주한 사람에게 혜택을 모으는 구조입니다.
8. 그래서 지금 무엇을 판단해야 하나
먼저 분명히 해 둘 것이 있습니다. 여기 적은 개정 내용은 전부 정부안 단계입니다. 입법예고 의견제출은 2026년 8월 20일까지이고, 정부는 9월 1일 국회에 제출할 예정입니다. 국회 심의에서 바뀔 수 있고, 실제로 여당 안에서도 비거주 1주택자의 보유공제 폐지에 대한 수정 의견이 나와 있습니다. 확정 법률과 부칙으로 다시 확인하기 전까지는 이것을 전제로 매도 시점을 못 박지 마십시오.
그 위에서 지금 정리해 두실 것은 세 가지입니다.
- 내 주택의 거주기간이 몇 년인지 - 보유기간은 등기로 확인되지만 거주기간은 주민등록과 실제 거주 사실로 따집니다. 지금 확인해 두어야 뒤에 다투지 않습니다.
- 2027년까지의 양도와 2028년 이후의 양도가 얼마나 다른지 - 거주가 짧고 보유가 긴 주택일수록 차이가 커집니다. 반대로 오래 거주한 주택은 2029년 이후가 오히려 유리합니다.
- 거주로 인정받을 사정이 있는지 - 근무·취학으로 이사해 산 기간, 재건축 공사기간, 등록임대 기간이 있다면 증빙부터 모아 두십시오.
예를 들어 보겠습니다. 2015년에 서울에 아파트를 사서 전세를 주고, 본인은 직장 근처에 살아 한 번도 그 집에 거주하지 않은 경우입니다. 2026년에 양도하면 보유 10년이므로 표 1의 공제율 20%가 적용됩니다. 같은 집에 2년만 거주했다면 표 2로 넘어가 보유 40%에 거주 8%를 더해 48%가 됩니다. 12억원 초과분에 해당하는 양도차익이 3억원이라면 공제액이 6,000만원과 1억 4,400만원으로 갈립니다. 같은 집, 같은 보유기간인데 거주 2년이 이 차이를 만듭니다. 그리고 정부안대로라면 2029년 이후 양도분에서는 앞의 20%마저 남지 않습니다.
세무법인 이움 중앙지점 대표세무사 박성진
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