임대사업자 자동말소 후 종부세 추징은 없습니다 — 다만 거주주택 비과세는 말소일부터 5년입니다

세무법인 이움 중앙지점 박성진 세무사입니다.

임대사업자 등록이 자진말소 또는 자동말소되면 그동안 종합부동산세 합산배제로 경감받은 세액은 추징하지 않습니다. 이자상당가산액도 붙지 않습니다. 다만 거주주택 비과세는 말소일부터 5년 이내에 양도하는 경우에 한정해 적용되고, 양도소득세 중과 제외는 자동말소면 기한 규정이 없는 반면 자진말소면 말소 후 1년입니다. 같은 말소인데 혜택마다 남은 기간이 다릅니다. 다만 중과 제외의 「기한 없음」은 현행 기준이고, 2026년 세제개편안(정부안)에 조정대상지역 매입임대 아파트만 단계적으로 배제를 없애는 내용이 담겼습니다.

말소되면 경감받은 종합부동산세를 추징하지 않습니다

합산배제를 적용받다가 임대의무기간을 충족하지 못하면 종합부동산세법 제17조 제5항 제1호에 따라 경감받은 세액과 이자상당가산액이 추징됩니다. 원칙은 기속이어서 과세관청에 재량이 없습니다.

다만 같은 법 시행령 제10조 제3항이 세 가지 예외를 두고 있고, 실무에서 가장 자주 걸리는 것이 제2호입니다.

종합부동산세법 시행령 제10조 제3항 제2호 — 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제1항제11호 또는 같은 조 제5항에 따라 임대사업자 등록이 말소된 경우

제6조 제1항 제11호가 자진말소, 제6조 제5항이 자동말소입니다. 어느 쪽이든 경감받은 세액을 추징하지 않습니다.

국세청도 같은 결론을 냈습니다. 적법하게 합산배제를 적용받던 중 아파트 장기일반민간임대주택의 임대사업자 등록을 자진말소해 임대의무기간 요건을 충족하지 못하게 된 사안에서, 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하지 않는다고 회신했습니다(서면-2023-부동산-2172, 2024년 6월 17일).

2026년 세제개편안 — 조정대상지역 매입임대 아파트는 중과 제외가 사라집니다

지금 조문상 양도소득세 중과 제외는 자동말소된 주택이면 기한 규정이 없습니다. 언제 팔아도 중과에서 빠집니다. 그런데 이 부분이 바뀝니다. 2026년 세제개편안에 이 부분을 바꾸는 내용이 담겼습니다. 2026년 8월 3일 발표되어 9월 1일 정부안으로 확정됐고, 국회 심사 전이므로 아직 확정된 것은 아닙니다.

대상은 넓지 않습니다. 양도일 현재 ① 조정대상지역에 있고 ② 자동말소됐으며 ③ 매입임대이고 ④ 아파트인 것, 넷을 모두 충족한 주택뿐입니다. 자동말소된 비아파트(다가구·다세대·연립 등)와 비조정대상지역 아파트, 건설임대주택은 대상이 아니어서 언제 양도해도 중과배제가 유지됩니다.

양도 시기	양도소득세 중과	장기보유특별공제 특례
2026~2027년	배제	50퍼센트
2028년	2분의 1 중과(2주택 10퍼센트포인트 · 3주택 15퍼센트포인트)	30퍼센트
2029년 이후	중과 적용(20퍼센트포인트 · 30퍼센트포인트)	미적용

아직 자동말소되지 않은 경우에는 사후적용 규정이 따로 있습니다. 2027년 1월 1일 현재 말소되지 않았다면 의무임대 종료일, 조정대상지역 공고일, 이전고시일 중 가장 늦은 날부터 기산해 1년 이내 양도는 중과배제와 50퍼센트, 2년 이내는 2분의 1 중과와 30퍼센트, 2년이 지나면 중과 적용과 미적용입니다.

기한보다 팔 수 있는 창이 더 좁습니다

정부안대로라면 2027년까지가 마지노선인데, 실제로 그 안에 파는 것이 쉽지 않습니다. 세 가지가 겹칩니다.

첫째, 이미 말소된 주택은 대부분 임대 중입니다. 둘째, 임차인이 계약갱신요구권을 행사하면 2년이 더 붙습니다. 셋째, 조정대상지역 아파트는 토지거래허가 대상이라 임차인이 거주하는 동안에는 매도 자체가 막힙니다.

제가 이 대목을 특히 말씀드리는 이유는, 기한을 2027년으로 알고 계시면 지금이 여유 있어 보이기 때문입니다. 임차인 계약 만기부터 역산해 보시면 시간이 생각보다 없습니다. 해당되는 물건이 있으시면 지금 확인해 두시는 편이 좋습니다.

자진말소는 의무기간의 절반을 채워야 합니다

여기서 한 가지가 갈립니다. 자동말소는 임대의무기간이 종료한 날 신청 없이 등록이 말소되는 것이므로 별도 조건이 없습니다. 반면 자진말소는 민간임대주택에 관한 특별법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우로 한정됩니다.

절반을 채우지 못한 상태에서 스스로 등록을 말소하면 위 추징 예외에 해당하지 않습니다. 통지서를 받으신 뒤 가장 먼저 확인해야 할 것이 이 부분입니다.

추징되는 경우의 이자는 연 8퍼센트를 넘습니다

말소가 아니라 의무기간 중에 매각한 경우처럼 실제로 추징이 이루어질 때의 계산도 알아 두실 필요가 있습니다.

경감받은 세액은 매 과세연도마다 합산했을 때의 세액에서 합산배제했을 때의 세액을 뺀 금액이고, 이자상당가산액은 거기에 1일 10만분의 22를 곱합니다(같은 시행령 제10조 제1항·제2항). 연 8퍼센트를 넘는 부담입니다.

기간은 신고한 과세연도의 납부기한 다음 날부터 고지일까지이며, 변동이 없어 합산배제 신고를 하지 않은 과세연도도 기간에 포함됩니다. 신고를 안 했으니 그 해는 빠질 것이라고 생각하시는 분이 계신데 그렇지 않습니다.

거주주택 비과세는 말소일에 요건을 갖춘 것으로 봅니다

임대주택을 등록해 두면 거주주택 한 채를 양도할 때 1세대 1주택으로 보아 비과세를 적용받습니다(소득세법 시행령 제155조 제20항). 임대기간 요건을 채우기 전에 거주주택을 먼저 팔 수도 있는데(제21항), 나중에 요건을 충족하지 못하면 그때 양도소득세를 다시 신고·납부해야 합니다(제22항).

말소는 그 추징에서 빠집니다.

소득세법 시행령 제155조 제22항 제2호 라목 — 장기임대주택이 다음의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소되고 임대기간요건을 갖추지 못하게 된 때에는 그 등록이 말소된 날에 해당 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다
1) 민간임대주택법 제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우로 한정한다)
2) 민간임대주택법 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우

이미 적용받은 비과세를 다시 토해내지 않는다는 뜻입니다.

앞으로 받을 비과세에는 5년이 붙습니다

문제는 아직 거주주택을 팔지 않으신 경우입니다. 시행령은 말소된 뒤의 적용 범위를 따로 정해 두었습니다.

소득세법 시행령 제155조 제23항 — 장기임대주택이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제20항을 적용한다

5년을 넘겨 양도하면 이 특례가 적용되지 않습니다. 괄호 안이 특히 중요합니다. 임대주택이 두 채 이상이면 가장 먼저 말소되는 주택의 말소일부터 5년을 셉니다. 나중에 말소된 주택을 기준으로 계산하시면 이미 기한이 지나 있을 수 있습니다.

제가 상담에서 보면 집값이 오를 때까지 기다리시다가 이 기한을 지나치는 경우가 적지 않습니다. 아끼려던 금액보다 훨씬 큰 세액이 한 번에 나옵니다. 말소 통지서를 받으시면 그날부터 매도 시점을 역산해 두시는 편이 좋습니다.

말소 이후에는 특례요건을 지키지 않아도 됩니다

등록이 살아 있는 동안에는 임대료 증액 상한 5퍼센트를 하나라도 어기면 특례가 깨집니다. 말소된 뒤에는 다릅니다.

기획재정부 재산세제과-151(2022년 1월 24일) — 장기임대주택이 자진말소 또는 자동말소된 이후 특례요건을 준수하지 않더라도, 소득세법 시행령 제155조 제23항과 같이 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우 같은 조 제20항에 따른 특례 적용이 가능함

요지가 특례요건 전반이므로 임대료 상한만이 아니라 그 장기임대주택에 전입해 거주하는 경우와 세무서 사업자등록을 유지하지 않은 경우도 포함됩니다.

경계는 말소일입니다. 말소일 전에 어긴 것은 그대로 남고, 말소일 이후는 보지 않습니다. 통지서에 적힌 날짜를 확인해 두셔야 하는 이유가 여기 있습니다.

혜택마다 남은 기간이 다릅니다

말소를 하나의 사건으로 보시면 안 됩니다. 세목과 조문이 각각이라 남은 기간이 따로 흘러갑니다. 아래는 현행 조문 기준이고, 조정대상지역 매입임대 아파트에는 위에서 본 개편안이 함께 걸립니다.

혜택	자진말소	자동말소	근거
종합부동산세 합산배제 경감세액	추징 없음	추징 없음	종합부동산세법 시행령 제10조 제3항 제2호
거주주택 비과세	말소 후 5년	말소 후 5년	소득세법 시행령 제155조 제23항
양도소득세 중과 제외	말소 후 1년	기한 규정 없음	소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호

한 분에게 5년짜리 기한과 1년짜리 기한이 동시에 흐를 수 있습니다. 어느 혜택을 쓸 것인지에 따라 매도 시점이 달라지므로, 두 가지를 함께 놓고 계산해야 합니다.

이 글에서 다루지 않은 것

임대사업자 혜택은 한 덩어리가 아닙니다. 장기보유특별공제 특례(조세특례제한법 제97조의3), 양도소득세 10퍼센트 감면(같은 법 제97조의5), 주택임대소득 세액감면(같은 법 제96조), 법인의 토지등 양도소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2)는 말소 시 취급을 이 글에서 확인하지 않았습니다.

특히 제97조의3은 본문이 10년 이상 계속하여 임대할 것을 요구하는데, 8년으로 자동말소된 주택에 현행 조문상 어떻게 적용되는지는 부칙까지 확인해야 답이 나옵니다. 위 개편안 표의 50퍼센트·30퍼센트·미적용은 정부안에 담긴 내용이고 현행 취급과는 층이 다릅니다. 확인하지 않은 것을 확인한 것처럼 쓰지 않겠습니다. 별도의 글로 정리하겠습니다.

 

 

임대사업자 자동말소, 추징은 없지만 5년을 넘기면 비과세가 사라집니다

 

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말소는 제도가 끝나는 날이 아니라 기한이 시작되는 날입니다. 통지서를 받으셨다면 말소일과 말소의 종류부터 확인하시기 바랍니다.

세무법인 이움 중앙지점 대표세무사 박성진
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