건설·도급 공통매입세액 안분 — 계약금액 기준은 매출 없는 현장에만 씁니다 (부가가치세법 제40조)

세무법인 이움 중앙지점 박성진 세무사입니다.

건설·도급업의 공통매입세액 안분은 그 과세기간에 실제로 발생한 공급가액 비율로 하는 것이 원칙이고, 실무도 대부분 그렇게 합니다. 다만 현장별 매입매출장 서식에 계약금액을 넣으면 불공제액이 자동으로 계산되는 경우가 있어, 매출이 아직 없는 현장을 처리하다가 그 숫자가 그대로 신고서로 넘어가기도 합니다.

그런데 계약금액 기준은 아무 때나 쓸 수 있는 방법이 아닙니다. 시행령이 정한 적용요건이 따로 있고, 그 요건을 못 채우면 계산 자체가 근거를 잃습니다.

안분은 「실지귀속을 구분할 수 없는 것」만 대상입니다

출발점은 부가가치세법 제40조입니다.

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액")은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 안분하여 계산한다.

순서가 정해져 있습니다. 실지귀속이 먼저이고 안분은 그다음입니다. 과세현장에만 들어간 자재는 전액 공제, 면세현장에만 들어간 자재는 전액 불공제입니다. 안분할 일이 아닙니다.

건설업에서는 이 지점이 특히 중요합니다. 현장이 특정되는 매입을 뭉뚱그려 사업장 전체 비율로 안분하면 제40조를 정면으로 어깁니다. 매입매출장에 현장명 열이 있다면 그것이 실지귀속 판정의 1차 자료입니다.

원칙은 「해당 과세기간의 실제 공급가액」 비율입니다

시행령 제81조 제1항입니다.

법 제40조에 따라 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

즉 원칙은 그 과세기간에 실제로 발생한 매출로 비율을 잡는 것입니다. 예정신고 때는 1월부터 3월까지의 비율로 안분하고, 확정신고 때 1월부터 6월까지 전체로 다시 계산해 정산합니다.

안분하지 않고 전액 공제하는 경우도 있습니다

시행령 제81조 제2항이 세 가지를 정하고 있습니다.

호	내용
1호	면세공급가액이 총공급가액의 5퍼센트 미만인 경우. 다만 공통매입세액이 500만원 이상이면 제외
2호	해당 과세기간 중 공통매입세액이 5만원 미만인 경우
3호	제63조 제3항 제3호가 적용되는 재화의 매입세액

1호의 단서를 놓치는 경우가 많습니다. 면세 비율이 5퍼센트를 밑돌아도 공통매입세액이 500만원 이상이면 전액 공제가 안 됩니다.

계약금액 기준은 언제 쓸 수 있습니까

시행령 제81조 제4항입니다. 여기가 이 글의 핵심입니다.

해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 다음 각 호의 순서에 따른다.
1. 총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 면세사업등 관련 매입가액 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등 관련 예정공급가액 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등 관련 예정사용면적 비율

실무에서 「계약금액 기준」이라고 부르는 것이 제2호의 총예정공급가액입니다. 그런데 각 호 앞에 붙은 요건을 보십시오.

「해당 과세기간 중 과세·면세 어느 한쪽 공급가액이 없을 것」이 조건입니다. 다시 말해 과세 매출과 면세 매출이 둘 다 있는 현장에는 계약금액 비율을 쓸 수 없습니다. 그 현장은 제1항 원칙대로 실제 매출 비율로 안분해야 합니다.

건물·구축물을 신축·취득하면서 예정면적을 구분할 수 있으면 제3호를 제1·2호보다 먼저 적용한다는 단서도 함께 있습니다.

얼마나 차이가 납니까

실무에서 확인한 수치를 하나 말씀드리겠습니다. 어느 건설업 현장에서 실제 매출 기준 과세비율은 99.16퍼센트였는데, 같은 현장의 계약금액 기준 비율은 74.09퍼센트였습니다.

이 차이가 불공제 금액으로는 5,013,609원이었습니다. 계약금액으로 계산하면 그만큼을 더 불공제하게 됩니다. 공제받을 수 있었던 매입세액을 스스로 포기한 셈입니다.

반대 방향으로 어긋나는 경우도 있습니다. 계약금액 비율이 실제보다 낮게 나오면 공제를 과다하게 받은 것이 되어 나중에 추징 대상이 됩니다. 어느 방향이든 근거가 없는 계산이라는 점은 같습니다.

확정신고 때는 정산합니다

시행령 제82조가 정산을 정하고 있습니다. 제81조 제4항으로 안분했다면 공급가액이나 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고 때 이렇게 정산합니다.

가산되거나 공제되는 세액 = 총공통매입세액 × (1 − 확정되는 과세기간의 면세공급가액 ÷ 그 과세기간의 총공급가액) − 이미 공제한 세액

예정신고 때 예정기간 비율로 안분한 것도 확정신고에서 과세기간 전체 비율로 다시 계산합니다. 예정신고 수치를 그대로 두고 확정신고를 하면 정산이 빠집니다.

실무에서는 이 순서로 봅니다

첫째, 매입매출장의 현장명 열을 확인합니다. 현장이 특정되면 그 현장의 매출 비율로 안분하고, 순수 과세현장이나 순수 면세현장이면 안분 대상이 아닙니다.

둘째, 그 현장에 과세·면세 매출이 둘 다 있는지 봅니다. 둘 다 있으면 계약금액 기준을 쓸 수 없습니다.

셋째, 매출이 아직 없는 현장이라면 제81조 제4항의 순서를 지킵니다. 총매입가액 → 총예정공급가액 → 예정사용면적 순입니다. 건물 신축으로 면적을 구분할 수 있으면 면적이 먼저입니다.

넷째, 확정신고 때 반드시 정산합니다. 예정신고 때 쓴 비율과 과세기간 전체 비율이 다르면 그 차액을 반영합니다.

저는 이런 경우 프로그램이 뽑아 준 숫자를 그대로 옮기지 마시라고 말씀드립니다. 그 서식은 현장 관리를 위한 것이지 신고서 근거가 아닙니다. 같은 금액이 나올 수도 있지만, 다를 때는 왜 다른지 설명할 수 있어야 합니다.

자주 묻는 질문

현장별로 나누지 않고 사업장 전체 비율로 하면 안 됩니까.
현장이 특정되는 매입이라면 실지귀속이 구분되는 것이므로 제40조상 안분 대상이 아닙니다. 전체 비율로 뭉뚱그리면 조문 순서를 건너뛰는 것이 됩니다.

거래처가 매입매출장에 과세·면세를 적어 주면 그대로 믿어도 됩니까.
참고 자료입니다. 현장코드가 붙은 매입은 그 현장의 실제 매출 비율로 안분하는 것이 원칙입니다. 라벨과 실제 비율이 다른 경우를 실무에서 봅니다.

매출이 없는 현장은 어떻게 합니까.
제81조 제4항의 순서를 따릅니다. 다만 어느 기준을 쓸지는 현장 상황에 따라 갈리므로 개별 확인이 필요합니다.

예정신고와 확정신고 기준이 달라도 됩니까.
예정신고는 예정기간 비율, 확정신고는 과세기간 전체 비율이 원칙이고 확정신고에서 정산합니다. 다만 안분 대상의 범위(예: 임대료 포함 여부)는 예정과 확정에서 같은 기준을 유지하셔야 정산이 맞습니다.

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이 글은 2026년 9월 17일에 작성했습니다. 인용한 조문은 2026년 1월 2일 시행 기준입니다. 세법은 개정이 잦으므로 실제 신고 전에 해당 과세기간 기준을 다시 확인하시기 바랍니다.

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세무법인 이움 중앙지점 대표세무사 박성진
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