종부세 합산배제 신고, 9월 30일까지 등록하면 올해분부터 빠집니다

세무법인 이움 중앙지점 박성진 세무사입니다.

종합부동산세 합산배제는 임대사업자로 등록해 두었다고 자동으로 적용되지 않습니다. 매년 9월 16일부터 9월 30일까지 관할세무서장에게 보유현황을 신고해야 그 해 과세표준에서 빠집니다. 다만 그 기간을 놓치셨더라도 요건을 갖추고 계셨다면 끝이 아닙니다. 종합부동산세 납부기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구로 되돌릴 수 있습니다. 반대로 9월 30일까지 사업자등록을 마치지 못한 경우는 그 해를 살릴 수 없습니다. 신고를 놓친 것과 등록을 놓친 것은 결과가 정반대입니다. 아래에 두 경우를 나누어 정리했습니다.

등록과 신고는 서로 다른 절차입니다

종합부동산세법 제8조 제2항은 민간임대주택·공공임대주택 중 대통령령으로 정하는 주택을 과세표준 합산 대상에서 제외한다고 정하고, 같은 조 제3항이 그 신고의무를 따로 두고 있습니다.

종합부동산세법 제8조 제3항 — 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

실무에서 이 대목을 등록 절차의 일부로 보시는 경우가 많습니다. 세 가지가 각각입니다. 지방자치단체에 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자 등록, 세무서에 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조에 따른 사업자등록, 그리고 9월의 합산배제 신고입니다.

과세기준일에 등록이 없었어도 9월 30일까지면 그 해에 적용됩니다

종합부동산세 과세기준일은 6월 1일입니다. 그날 사업자등록이 되어 있지 않았다면 그 해는 지나간 것으로 보기 쉽지만, 시행령이 별도의 의제 규정을 두고 있습니다.

종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 후단 — 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

전제는 과세기준일에 이미 임대를 개시하고 있었을 것입니다. 등록만 늦은 경우를 구제하는 규정이지, 6월 1일 이후에 임대를 시작한 경우까지 열어 주는 조항이 아닙니다.

신고를 놓친 경우 — 납부기한부터 5년 이내 경정청구

종합부동산세는 관할세무서장이 12월 1일부터 12월 15일까지 부과·징수하는 부과과세 방식입니다(종합부동산세법 제16조 제1항). 신고납부는 제16조 제3항에 따른 선택 사항입니다. 그래서 신고서를 제출한 사람만 대상으로 하는 국세기본법 제45조의2 제1항이 곧바로 적용되지 않는데, 같은 조 제6항이 이 부분을 정하고 있습니다.

국세기본법 제45조의2 제6항 — 「종합부동산세법」 제7조 및 제12조에 따른 납세의무자로서 종합부동산세를 부과·고지받은 자의 경우에는 제1항부터 제4항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 "법정신고기한이 지난 후"는 "종합부동산세의 납부기한이 지난 후"로, "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "납부고지서에 기재된 과세표준 및 세액"으로 본다.

고지서를 받은 납세자도 경정청구를 할 수 있고, 기산점은 신고기한이 아니라 종합부동산세의 납부기한인 12월 15일입니다. 그날부터 5년 이내입니다.

신고를 하지 않았다는 사실만으로 합산배제가 사라지지는 않습니다

조세심판원은 합산배제 신청을 신고기한 안에 하지 않아 경정청구가 거부된 사건에서 그 처분을 취소하고 합산배제하도록 경정했습니다(국심 2007서0099, 2007년 4월 30일 결정).

세법상 감면규정을 해석·적용함에 있어서 감면신청을 한 경우에 한하여 감면규정을 적용한다고 한 경우처럼 감면신청이 조세감면의 필수적 요건(신청감면)임이 명시된 경우에는 감면신청을 하지 않은 자에 대하여 감면을 배제하지만, 감면을 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 한 경우에는 감면신청이 납세자의 협력의무에 불과한 것으로 보아 다른 감면요건을 충족하고 있는 한 감면을 허용한다.

종합부동산세법 시행령 제3조 제9항이 바로 후자의 문언입니다. "합산배제 임대주택의 규정을 적용받으려는 때에는 재정경제부령으로 정하는 임대주택 합산배제 신고서에 따라 신고하여야 한다"고 되어 있습니다. 신청감면임을 명시한 조문이 아니라는 것이 결정의 근거였습니다.

국세청도 최초 합산배제 신고 이후 변동이 없어 신고서를 제출하지 않은 과세연도에 대해 경정청구가 가능하다고 회신한 바 있습니다(기준-2020-법령해석기본-0012, 2020년 6월 8일).

신고를 놓친 것과 등록을 놓친 것은 결과가 다릅니다

놓친 것	그 해 구제 여부	근거
9월 16일~30일 합산배제 신고	가능 — 납부기한 후 5년 이내 경정청구	국세기본법 제45조의2 제6항 국심 2007서0099
9월 30일까지 사업자등록	불가 — 그 해는 되돌릴 수 없음	종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 후단

차이는 조문의 성격에서 나옵니다. 신고는 협력의무이므로 이행이 늦어도 실체 요건이 남아 있지만, 등록 기한은 과세기준일 요건을 채워 주는 의제의 기한이라 그날이 지나면 6월 1일 현재 등록이라는 요건 자체가 성립하지 않습니다.

다만 경정청구는 되돌리는 절차입니다. 그 해 12월에 종합부동산세를 전액 납부한 뒤 돌려받는 흐름이라 자금이 묶이고, 과세관청이 요건을 다투면 이의신청·심판청구로 이어져 시간과 비용이 더 듭니다. 9월에 신고하시는 편이 언제나 낫습니다.

합산배제 신고는 매년 하는 것이 아닙니다

시행령 제3조 제9항 단서는 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 신고한 내용 중 재정경제부령으로 정하는 사항에 변동이 없으면 신고하지 않을 수 있다고 정합니다. 국세청이 이 신고를 합산배제 변동신고라고 부르는 이유입니다.

문제가 되는 것은 변동이 있는데도 그대로 두는 경우입니다. 임대 호수가 늘거나 줄었을 때, 임대료를 인상했을 때, 등록 사항을 변경했을 때가 그렇습니다. 요건을 잃은 상태로 계속 배제받으면 종합부동산세법 제17조 제5항 제1호에 따라 경감받은 세액과 이자상당가산액이 추징됩니다.

유형별 임대기간과 공시가격 기준

유형	임대기간	공시가격 상한
건설임대주택 (시행령 제3조 제1항 제1호)	5년	2호 이상 30호 미만 9억원 / 30호 이상 12억원
매입임대주택 (제2호)	5년	30호 미만 수도권 6억원 / 수도권 밖 3억원
건설 장기일반민간임대주택등 (제7호)	10년 (2020년 8월 18일 전 등록분은 8년)	2호 이상 30호 미만 9억원 / 30호 이상 12억원
매입 장기일반민간임대주택등 (제8호)	10년 (2020년 8월 18일 전 등록분은 8년)	30호 미만 수도권 6억원 / 수도권 밖 3억원
건설 단기민간임대주택 (제10호)	6년	6억원, 전용면적 149제곱미터 이하
매입 단기민간임대주택 (제11호)	6년	수도권 4억원 / 수도권 밖 2억원

민간건설임대주택과 민간매입임대주택(제1호·제2호)은 2018년 3월 31일 이전에 임대사업자 등록과 사업자등록을 마친 주택으로 한정됩니다. 제10호·제11호의 단기민간임대주택은 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제6호의2로 되살아난 6년 유형이며, 2020년에 폐지된 종전 단기임대(같은 조 제6호)와 구분해야 합니다.

세 유형 모두 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것이 공통 요건입니다. 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못합니다.

다음 글에서 이어서 다루겠습니다

합산배제 요건은 물건마다 갈립니다. 아파트인지 빌라인지, 조정대상지역인지, 등록 신청일이 언제인지, 단기인지 장기인지에 따라 결론이 달라집니다. 2018년 9월 13일 대책, 2020년 7월 11일 대책, 2020년 8월 18일 민간임대주택법 개정이 그때그때 요건을 바꿔 놓았기 때문입니다. 이 부분은 다음 글에서 등록 시점별로 한 표에 정리하겠습니다.

임대사업자 등록이 말소된 경우는 그다음 글에서 다루겠습니다. 자진말소와 자동말소에 따라 경감세액 추징 여부가 갈리고, 거주주택 비과세와 양도소득세 중과 제외까지 함께 보아야 합니다.

이번 달에 하실 일은 단순합니다. 9월 30일까지 등록을 마치고, 9월 16일부터 30일 사이에 신고하는 것입니다.

임대료 5퍼센트를 초과해도 배제는 2개 과세연도까지입니다

임대료 증액 제한을 어기면 그 주택은 영구히 제외된다고 알고 계신 경우가 있는데 그렇지 않습니다.

종합부동산세법 시행령 제3조 제8항 — 제1항을 적용할 때 임대료등의 증가율 요건을 충족하지 않게 된 때에는 해당 과세연도를 포함하여 연속하는 2개 과세연도까지는 합산배제 임대주택에서 제외한다.

해당 연도를 포함해 2개 과세연도만 제외되고 3년째부터는 다시 합산배제를 받습니다. 그 2년치 종합부동산세는 그대로 부담합니다.

공실도 마찬가지입니다. 시행령 제3조 제7항 제4호는 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간이 2년 이내이면 계속 임대하는 것으로 본다고 정하고 있어, 임차인이 바뀌는 사이의 공백으로 임대기간이 끊기지 않습니다.

법인 사택은 주주인 임원에게 제공하면 제외됩니다

종업원 주거용 주택은 시행령 제4조 제1항 제1호에 따라 합산배제 사원용주택등에 해당합니다. 국민주택 규모 이하이거나 과세기준일 현재 공시가격 6억원 이하인 것이 요건입니다.

다만 제공 대상에 따라 갈립니다. 사용자가 법인인 경우 해당 법인의 주주 또는 출자자인 임원에게 제공하는 주택은 제외됩니다. 법인세법 시행령 제50조 제2항의 소액주주등은 제외되므로 소액주주인 임원은 해당하지 않습니다. 사용자가 개인이면 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 각 호의 친족관계인 자에게 제공한 주택이 제외됩니다.

실무에서 가장 자주 걸리는 대목이 대표이사 사택입니다. 기숙사는 같은 조 제1항 제2호에 별도로 규정되어 있어 그대로 배제됩니다.

자주 묻는 질문

임대사업자 등록만 하면 종부세 합산배제가 자동으로 되나요?

되지 않습니다. 종합부동산세법 제8조 제3항이 9월 16일부터 30일까지 보유현황을 신고하도록 별도로 정하고 있습니다. 지방자치단체 임대사업자 등록, 세무서 사업자등록, 합산배제 신고는 서로 다른 세 가지 절차입니다.

합산배제 신고를 매년 해야 하나요?

아닙니다. 시행령 제3조 제9항 단서에 따라 최초 신고 연도의 다음 연도부터는 신고 내용에 변동이 없으면 하지 않아도 됩니다. 임대 호수, 임대료, 등록 사항이 바뀐 해에만 변동신고를 하시면 됩니다.

9월 30일이 지났는데 신고를 못 했습니다. 올해는 끝인가요?

끝이 아닙니다. 요건을 갖추고 계셨다면 국세기본법 제45조의2 제6항에 따라 종합부동산세 납부기한인 12월 15일이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 하실 수 있습니다. 다만 12월에 고지된 세액을 먼저 납부한 뒤 돌려받는 절차입니다.

6월 1일에 사업자등록이 없었는데 지금이라도 되나요?

과세기준일에 이미 임대를 개시하고 계셨다면 9월 30일까지 임대사업자 등록과 사업자등록을 마치는 것으로 그 해부터 적용됩니다. 다만 이 기한은 경정청구로 되돌릴 수 없습니다. 9월 30일이 지나면 그 해 요건 자체가 성립하지 않습니다.

임대료를 5퍼센트 넘게 올렸으면 그 집은 영영 안 되나요?

아닙니다. 시행령 제3조 제8항에 따라 해당 과세연도를 포함해 연속하는 2개 과세연도까지만 제외되고 3년째부터 다시 합산배제를 받습니다. 다만 그 2년치 종합부동산세는 부담하셔야 합니다.

단기민간임대주택 6년도 합산배제가 되나요?

됩니다. 시행령 제3조 제1항 제10호(건설)와 제11호(매입)에 6년 유형으로 규정되어 있습니다. 다만 민간임대주택법 제2조 제6호의2가 정의에서 아파트를 제외하므로 아파트는 등록 단계에서 해당하지 않습니다.

의무임대기간을 못 채우고 팔면 어떻게 되나요?

종합부동산세법 제17조 제5항 제1호에 따라 경감받은 세액과 이자상당가산액이 추징됩니다. 관할세무서장이 추징하여야 한다고 규정된 기속 조항입니다. 다만 수용, 협의매수, 분양전환, 천재지변은 시행령 제3조 제7항 제5호에 따라 계속 임대한 것으로 봅니다.

정리

이번 달에 확인하실 것은 다음 여섯 가지입니다.

첫째, 최초 합산배제 신고를 하셨는지. 하지 않으셨다면 9월 16일부터 30일 사이에 하십시오.

둘째, 작년 신고 이후 호수·임대료·등록 사항에 변동이 있었는지.

셋째, 6월 1일에 임대 중이었는데 사업자등록만 없다면 9월 30일까지 등록이 가능한지.

넷째, 임대료 인상률이 5퍼센트를 넘겼는지.

다섯째, 지난 5년 중 신고를 빠뜨린 해가 있는지. 여섯째, 법인이라면 사택 거주자가 주주인 임원인지.

 

다섯 번째 항목이 이 글에서 가장 실익이 큰 부분입니다. 요건은 갖추고 계셨는데 신고만 빠뜨려 종합부동산세를 그대로 납부하신 해가 있다면, 납부기한부터 5년 이내라면 아직 되돌릴 수 있습니다.

업무를 보다 보면 임대주택을 여러 채 보유하고 계시면서도 합산배제 신고를 한 번도 하지 않으신 경우를 만납니다. 등록을 마쳤으니 처리가 끝났다고 생각하신 것입니다. 이 신고는 등록과 별개이고, 놓친 해가 있다면 지금이라도 확인해 보실 값이 있습니다.

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종부세 합산배제 신고, 등록만 해두면 빠지는 게 아닙니다

 

이 글은 종합부동산세법(시행 2026년 1월 1일)과 같은 법 시행령(시행 2026년 2월 27일), 국세기본법(시행 2026년 8월 11일)의 원문을 법제처에서 직접 확인하고, 조세심판원 결정 국심 2007서0099와 국세청 해석 기준-2020-법령해석기본-0012, 서면-2023-부동산-2172의 본문을 조회해 작성했습니다. 개별 사안은 등록 시점과 임대차계약 내용에 따라 갈리므로 실제 판단은 자료를 함께 보아야 합니다.

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