통합고용세액공제 사후관리 추징, 2024·2025년 공제분만 남았습니다 (조세특례제한법 제29조의8)

세무법인 이움 중앙지점 박성진 세무사입니다.

직원을 늘려 통합고용세액공제를 받으신 대표님들께서 가장 많이 물으시는 것이 "사람이 줄면 받은 걸 토해내야 하느냐"입니다. 결론부터 말씀드리면, 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터는 그 추징 규정이 없습니다. 조세특례제한법 제29조의8이 통째로 개정되면서 사후관리 조항이 사라졌기 때문입니다. 다만 2024년과 2025년에 공제를 받으신 곳은 종전 규정이 그대로 살아 있습니다. 부칙이 그렇게 정해 두었습니다.

지금 인원 조정을 검토하고 계신다면, 우리 회사가 어느 쪽에 속하는지부터 확인하셔야 합니다.

통합고용세액공제 추징, 종전에는 어떤 구조였나

2025년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 적용되던 종전 조세특례제한법 제29조의8은, 상시근로자가 직전 과세연도보다 증가하면 그 해와 이후 2년(중소기업·중견기업 기준), 모두 3년에 걸쳐 같은 금액을 반복해서 공제해 주는 구조였습니다.

그리고 그 옆에 사후관리 조항이 붙어 있었습니다. 종전 제2항입니다.

제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

읽어 보시면 불이익이 두 겹입니다. 첫째로 남은 연차의 공제를 못 받고, 둘째로 이미 받은 세액을 다시 내야 합니다. 대표님들이 "토해낸다"고 하시는 것이 이 뒷부분입니다.

기준 시점이 헷갈리기 쉬운데, 비교 대상은 직전 연도가 아니라 최초로 공제를 받은 과세연도입니다. 2024년에 처음 공제를 받았다면 2025년이든 2026년이든 2024년 인원과 비교합니다.

2026년 귀속부터는 통합고용세액공제 계산 방식 자체가 바뀌었습니다

2025년 12월 23일 공포되어 2026년 1월 1일부터 시행된 개정 조세특례제한법 제29조의8은 구조가 다릅니다. 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지가 적용 기간이고, 공제액을 매년 새로 계산합니다.

직전 과세연도, 전전 과세연도, 전전전 과세연도 세 개와 각각 비교해서 나온 금액을 더하는 방식입니다. 조문에서는 이것을 A, B, C로 부릅니다.

중소기업 1명당	A 직전 연도 대비	B 전전 연도 대비	C 전전전 연도 대비
청년등상시근로자	700만원 (수도권 밖 1,000만원)	1,600만원 (수도권 밖 1,900만원)	1,700만원 (수도권 밖 2,000만원)
청년등외상시근로자	400만원 (수도권 밖 700만원)	900만원 (수도권 밖 1,200만원)	1,000만원 (수도권 밖 1,300만원)

여기서 중요한 것은 B와 C의 계산식입니다. B는 해당 연도와 직전 연도 중 적은 수에서 전전 연도를 뺀 값이고, C는 해당 연도, 직전 연도, 전전 연도 중 가장 적은 수에서 전전전 연도를 뺀 값입니다. 음수가 되면 0으로 봅니다.

말을 바꾸면, 한 해라도 인원이 줄면 그 아래 단계가 죽습니다. 추징이라는 이름은 사라졌지만 인원을 유지해야 하는 사정은 그대로입니다. 달라진 것은 불이익의 형태입니다. 종전에는 받고 나서 뺏겼고, 지금은 유지해야 다음 해에 줍니다.

저는 이런 경우 대표님께 "추징이 없어졌다고 마음 놓으실 일은 아니고, 벌이 뒤로 옮겨간 것으로 보시는 편이 맞습니다"라고 말씀드립니다.

우리 회사는 어느 쪽인가 — 부칙 제34조

개정법에는 경과조치가 붙어 있습니다. 법률 제21223호 부칙 제34조입니다.

2024년 12월 31일이 속하는 과세연도 또는 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도에 상시근로자의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도의 세액공제, 공제받은 세액에 상당하는 금액의 납부 등에 관하여는 제29조의8의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

"공제받은 세액에 상당하는 금액의 납부"라는 표현이 그대로 들어가 있습니다. 즉 2024년과 2025년에 공제를 받으신 곳은 추징 규정이 살아 있습니다. 중소기업과 중견기업은 2년이므로 이렇게 정리됩니다.

최초 공제를 받은 귀속연도	종전 사후관리가 미치는 마지막 과세연도	지금 인원을 줄이면
2024년	2026년	올해가 마지막입니다. 걸립니다
2025년	2027년	내년까지 걸립니다
2026년 이후	해당 없음	토해내지 않습니다. 그 해 공제를 못 받을 뿐입니다

금액으로 보면 이 정도입니다

예를 들어 수도권에 있는 중소기업이 2024년에 청년 근로자 2명을 늘렸다고 하겠습니다. 종전 규정에서 청년등상시근로자는 1명당 1,450만원(수도권 밖은 1,550만원)이므로, 2024년 공제액은 2,900만원입니다. 여기까지는 대표님도 아시는 부분입니다.

그런데 이 공제는 2025년과 2026년에도 같은 금액이 반복됩니다. 3년이면 8,700만원입니다. 적지 않은 돈입니다.

이 상태에서 2026년에 전체 상시근로자 수가 2024년보다 줄었다고 해 보겠습니다. 그러면 2026년분 2,900만원을 못 받는 것에서 끝나지 않고, 2024년과 2025년에 이미 받았던 공제까지 납부 대상이 됩니다. 구체적인 납부액은 시행령이 정한 계산 방법에 따라 산정합니다.

참고로 종전 규정의 청년등외상시근로자는 1명당 수도권 850만원, 수도권 밖 950만원이었습니다. 중견기업은 청년등 800만원, 청년등외 450만원이고, 중소기업도 중견기업도 아닌 기업은 청년등외에 대해서는 공제가 없었습니다.

전체 인원은 그대로인데 청년만 줄어든 경우

실무에서 가장 자주 걸리는 자리가 여기입니다. 종전 제2항을 다시 보시면 전체 상시근로자 감소와 청년등상시근로자 감소를 따로 걸어 두었습니다.

전체가 줄면 제1항 전부가 배제되고, 전체는 그대로인데 청년만 줄면 제1항 제1호, 즉 청년 부분만 배제됩니다. 청년 한 명이 나가고 60세 미만 경력직 한 명이 들어왔다면 머릿수는 같지만 청년등은 한 명 줄어든 것입니다.

다만 청년이 나이를 먹어 34세를 넘는 것은 감소가 아닙니다. 조세특례제한법 시행령 제26조의8 제4항 제1호는 근로계약 체결 당시 34세 이하였다면 근로 중 34세를 넘더라도 계약일부터 4년간(중소기업·중견기업이 아니면 3년간) 청년등상시근로자로 본다고 정하고 있습니다. 병역을 이행한 기간은 6년을 한도로 나이에서 뺍니다.

물론 그 4년이 지나면 청년등에서 빠지므로, 현행 규정에서는 B와 C 단계가 죽을 수 있습니다. 계약일을 기준으로 언제 4년이 끝나는지 미리 세어 두시는 편이 좋습니다.

통합고용세액공제 계산에서 애초에 빠지는 사람들

인원이 줄었다고 걱정하시는데 실제로는 계산에 안 들어가는 사람인 경우가 있습니다. 조세특례제한법 시행령 제26조의8 제2항은 다음을 상시근로자에서 제외합니다.

제외되는 사람	실무에서 보면
근로기간 1년 미만	단기 채용은 늘려도 줄여도 숫자에 영향이 없습니다
단시간근로자	다만 월 평균 근로시간이 60시간 이상이면 포함됩니다
법인세법 시행령 제40조 제1항의 임원	등기임원이 퇴임해도 감소가 아닙니다
최대주주·최대출자자와 그 배우자	개인사업자는 대표자 본인이 여기 해당합니다
그 직계존비속과 친족관계인 사람	가족을 직원으로 두신 경우 계산에서 빠집니다
근로소득세 원천징수도, 국민연금 부담금·건강보험료 납부도 확인되지 않는 사람	4대보험 신고가 빠져 있으면 실제로 근무해도 인원으로 안 잡힙니다

마지막 항목을 특히 눈여겨보셔야 합니다. 실제로 일하고 계신 분인데 4대보험 취득신고가 누락되어 있으면 상시근로자 수에 들어가지 않습니다. 공제를 계산할 때 인원이 예상보다 적게 나오는 이유가 대개 여기입니다.

정규직 전환과 육아휴직 복귀자는 추징이 남아 있습니다

현행 제29조의8에서 사후관리 조항이 사라졌다고 말씀드렸지만, 제7항 하나는 그대로 남아 있습니다.

기간제·단시간·파견 근로자를 정규직으로 전환해서 공제를 받았거나(제4항, 1명당 1,300만원·중견기업 900만원), 육아휴직 복귀자를 복직시켜 공제를 받은 경우(제5항, 같은 금액)에는, 전환일 또는 복직일부터 2년이 지나기 전에 그 근로자와의 근로관계를 종료하면 공제받은 세액을 납부해야 합니다.

이 둘은 특정한 사람 한 명에게 붙는 공제라 그 사람이 나가면 바로 걸립니다. 인원 총수와는 별개이니 따로 관리하셔야 합니다.

중소기업이 아니라면 문턱이 하나 더 있습니다

현행 제29조의8 제1항 단서는 중소기업이 아닌 내국인에 대해 최소고용증가인원수를 초과해서 증가한 경우에만 공제한다고 정하고 있습니다. 시행령 제26조의8 제3항이 그 수를 정했는데, 중견기업은 5명, 중견기업도 아닌 기업은 10명입니다. 그리고 공제액에서도 그 인원수에 해당하는 금액을 빼고 계산합니다.

또 하나, 소비성서비스업은 애초에 적용 대상이 아닙니다. 시행령 제26조의8 제1항이 같은 영 제29조 제3항의 소비성서비스업을 그대로 가져다 쓰고 있습니다.

통합고용세액공제 사후관리, 지금 확인하실 것

정리하면 이렇습니다.

첫째, 2024년 또는 2025년 법인세·소득세 신고에서 통합고용세액공제를 받으셨는지 확인하십시오. 받으셨다면 종전 사후관리가 살아 있습니다.

둘째, 받으셨다면 최초로 공제를 받은 그 해의 상시근로자 수와 청년등상시근로자 수를 찾아 두십시오. 비교 기준이 직전 연도가 아니라 그 해입니다.

셋째, 인원 조정을 검토하고 계신다면 결산 전에 세어 보십시오. 과세연도가 끝나고 나면 되돌릴 방법이 없습니다.

넷째, 사업장이 수도권과 수도권 밖에 나뉘어 있으면 금액이 다르므로 따로 세십시오.

공제를 받을 때는 세무대리인이 챙겨 드리지만, 사람이 나갈 때는 대표님께서 먼저 말씀해 주시지 않으면 저희도 알기 어렵습니다. 인원에 변동이 있으시면 결산 전에 한 번 알려 주시는 편이 좋습니다.

 

직원 줄이면 통합고용세액공제 토해내나요, 2026년부터 달라졌습니다

 

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세무법인 이움 중앙지점 대표세무사 박성진
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02-545-5328

이 글은 조세특례제한법 제29조의8(시행 2026년 7월 1일), 같은 법 시행령 제26조의8(시행 2026년 7월 1일), 종전 조세특례제한법 제29조의8(시행 2025년 1월 1일), 법률 제21223호 부칙 제34조의 원문을 확인해 작성했습니다. 개별 사안은 인원 구성과 사업장 소재지에 따라 결론이 달라지므로 실제 적용 전에 확인이 필요합니다.